29 июня 1979 года в Томске был открыт Сибирский филиал Всесоюзного онкологического центра АМН СССР. На торжественном акте открытия института присутствовали руководители Томской области во главе с Ю.К. Лигачевым, ведущие ученые страны и области, академики АМН СССР: Н.Н. Блохин, Н.Н. Трапезников, B.C. Савельев, Д.Д. Яблоков, О.М. Щепин, профессора: М.А. Медведев, Р.С.Карпов, Е.Д. Гольдберг, Н.Н. Герасименко, Н.В. Васильев. Директором филиала ВОНЦ был назначен А.И. Потапов.
    В 1986 году организован Томский Научный Центр АМН. Сибирский филиал Всесоюзного онкологического научного центра преобразуется в самостоятельный институт. Профессор Б.Н. Зырянов назначен его директором.
    С апреля 2002 г. институт возглавляет доктор медицинских наук, член-корреспондент РАМН, профессор Е.Ц. Чойнзонов.
    НИИ онкологии в Томске является единственным институтом этого профиля на территории Сибири и Дальнего Востока. В институте работают около 400 сотрудников, из них 69 - доктора и кандидаты медицинских наук.
    Институт возглавляет работу проблемной комиссии по онкологии межведомственного научного Совета по медицинским проблемам Сибири и Дальнего Востока, осуществляет научно-методическое руководство онкологическими учреждениями региона по вопросам клинической онкологии и внедрения научных достижений в практику здравоохранения.
    С 1994 года институт онкологии является членом Европейской организации противораковых институтов (О Е С I).
    На базе института работает ординатура по специальностям: онкология, рентгенология и радиология, аспирантура по специальностям: 14.00.14 -онкология, 14.00.19 - лучевая диагностика и лучевая терапия. Функционирует диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальности 14.00.14 -онкология (медицинские науки).
 
    Основные научные направления:

• Проведение фундаментальных исследований по изучению закономерностей распространения и механизмов патогенеза злокачественных новообразований на территории Сибири и Дальнего Востока, выявление эндогенных и экзогенных этиологических факторов и их комплексов с целью разработки программ по ранней диагностике, профилактике и совершенствованию организации онкологической помощи населению региона.
• Изучение систем жизнеобеспечения организма и молекулярно-генетических характеристик опухоли, отражающих механизмы канцерогенеза и опухолевой прогрессии, для формирования групп повышенного онкологического риска, ранней диагностики и прогноза заболевания с целью проведения своевременной и адекватной терапии.
• Разработка новых эффективных схем комбинированной терапии онкологических больных на основе использования высокотехнологичных подходов, совершенствования режимов адьювантной терапии, патогенетически обоснованного применения новых химиопрепаратов и модификаторов цитостатической терапии, совершенствования методов реконструктивно-пластических и органно-сохранных оперативных вмешательств и подходов по проведению реабилитационных мероприятий.